城际轨道交通与城市轨道交通存在本质的差异，虽然彼此存在部分交集，但不能完全互相代替。前者以服务城际旅客为主、后者以服务市内旅客为主，两者因服务主体对象的不同而产生了以下系列的显著差异。

运输范围

城际轨道交通对外为主，以连接周边城市作为首要目的，运输范围较广，需要跨市运输；城市轨道交通对内为主，以联络境内城镇作为第一目的，运输范围较小，无需跨市运输。因此，城际轨道交通的线路总里程普遍比城市轨道交通的要长、一般在50千米以上，大多在100千米至200千米之间；而城市轨道交通的线路全程通常不超过100千米，多半在50千米之内。不过单条城市轨道交通的线路不一定短于城际轨道交通的，具体路程还需视城市实际管辖范围面积的大小而定，如广佛地铁属于城际轨道，只有30多公里，远短于广州市内的地铁3号线。

运行速度

城际轨道交通和城市轨道交通彼此间运输范围的差异直接导致两者对铁路运行速度要求的不同。城际轨道交通为了进一步缩短中等距离两地间的时空，大多采用等级较高的铁路设计和列车类型，如国铁Ⅰ级标准、CRH系列车型等，列车的最高运行速度至少在120km/h以上、旅行速度至少在60km/h以上；城市轨道交通主要是分担公路交通压力和解决车辆拥堵问题，本身所服务的路段并不是很长，大多采用轻型化的轨道和列车，如轻轨铁路、地铁车型等，列车的最高运行速度控制在120km/h以内、旅行速度能达到30km/h以上即可。不过也有少数例外，如作为城市轨道的上海浦东机场联络线采用高速磁悬浮轨道系统，列车最高速度达431km/h；作为城际轨道的广佛地铁，列车最高速度仅80km/h。 

列车轨道

在我国，城际轨道交通以城际铁路为主，采用国家铁路（简称国铁）统一标准的列车类型和轨道系统，列车速度较快（如列车最高速度基本在160km/h以上）、舒适度较好（如基本是软座）、功能较多（如配有餐车）、稳定性较高（如车身减震效果较佳）、技术含量较大（如和谐号系列这类的高级动车组）等。考虑到远期发展中能与干线铁路对接，城际铁路的列车和轨道系统与传统铁路、高速铁路、快速铁路等都是兼容通用的，如早期的广深铁路和现今的广珠城轨等城际轨道均采用国铁制式，可与其它国铁线路实现无缝衔接。个别近距离大城市群之间会采用地铁系统作为城际轨道交通，如广佛地铁、昆山地铁（苏沪地铁）等，这只是少数例外情况。

城市轨道交通没有统一的列车轨道系统标准，种类繁多、千姿百态、五花八门、五颜六色。有中规中矩的地铁轻轨、有如缆车般的悬挂单轨、有跨座式般的磁悬浮轨道、还有平躺电梯般的旅客捷运系统以及公交车般的有轨电车等，所以城市轨道交通与国家铁路系统几乎无兼容性可言（标准轨距的地铁轻轨除外）。另外，由于城市轨道交通列车的运行时间较少、运行里程较短，故列车类型较轻便，像APM里的这类列车基本可看作是公交车或电梯厢的改造版。城市轨道列车内部的设计很简约，一般只有简易坐凳和扶手，有些列车甚至连座位都没有，如广州地铁6号线的列车。  所以，城市轨道交通的列车不仅速度有限而且舒适度低，但由于车内站立空间大，有些类型的城市轨道交通，其载客量反而超过了新型城际铁路，如地铁系统。磁悬浮轨道系统是个例外，其列车运行平稳、舒适度好，但载客量不高。再有，城市轨道交通一般由当地政府和投资单位共同运营管理，从外在的车身颜色到内在的运作体系均有较大的自主空间，无需国铁部门统一干涉。 

客运能力

相同编组下，每辆CRH6型城际列车的最大载客量约为1500人，每辆A型地铁列车的最大载客量超过了2400人。城际列车的发车密度大多为每十多分钟以上一班，地铁轻轨的发车密度多半为十分钟之内一班。总体上城际轨道交通的运力稍低于城市轨道交通。不过单轨铁路、有轨电车等城市轨道交通的运力就相对有限了。另外，不同轨道交通的运力还需视列车具体的编组数量情况而定。 

客源对象

城际轨道交通的客源以商务往来、旅游观光、远地探亲等为主，日常客流量比较有限，高峰期多集中在特殊节假日；城市轨道交通的客源以工作求学、逛街购物、交通换乘等为主，通勤客流量比较稳定，高峰期多集中在上下班时间段。

建设环境

城际轨道交通和城市轨道交通两者的建设环境（包括自然和人文的）差异不小。除广佛地铁这样的个案外，城际轨道交通主要路段在市郊，城市轨道交通主要路段在市区。两者要面对的地理环境通常差别较大，并由此导致了线路选址、施工难度、拆迁成本、融资渠道等多种问题的差异。一般而言，修建城际轨道交通比修建城市轨道交通要容易一些，且风险和困难主要由国家铁道部或国家财政部门承担和援助。城市轨道交通的建设则要面对复杂的城市拆建困局，当地政府不到万不得已的客流需求、没有足够强大的经济实力是不敢轻易兴建的。城际轨道交通的建设常带有主动性，即当下的客流量需求不一定很大，反而倾向于通过城际轨道联络两地居民、促进同城化进程。但城市轨道交通的建设大多是被动的，是为了缓解公路交通压力而被迫修建的。 

乘车模式

我国城际轨道交通的主体是城际铁路，乘车方式和其他国铁列车的完全一致，需提前实名制购票检票进站、限乘当日当次列车，票价较贵，站点停靠时间较长。城市轨道交通以公交化模式运营，无需凭身份证购票、不限车次、随到即走，票价便宜，站点停靠时间较短。因此，城际铁路列车的乘车便捷度不如城市轨道列车的。

城际轨道交通的运输距离较长、运输速度较快，所以规划设计的车站间距比较大，一般在5千米以上，以“每镇一站”为主；城市轨道交通的运输距离较短、运输速度有限，所以规划设计的车站间距比较小，一般在5千米以下，以“每街一站”为主。就全线车站的平均间距而言，城际轨道的车站间距大于城市轨道的。不过，车站间距受当地客流量的影响很大，在不影响整条铁路基本功能定位的前提下，无论城际轨道还是城市轨道都可能会适度增减车站数量，以便更充分地发挥铁路运能，所以可能出现部分路段两者车站间距相近的情况。如莞惠城际轨道在惠城区段中的龙丰站、西湖站和云山站，相邻车站间距只有3千米，几近地铁轻轨的车站间距及其功能效益。

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